崩坏3秘密行动的活动共有两个关卡，分别是“代号：械海”和“代号：猎龙”，每关每日可挑战次数为99次。完成关卡挑战后，可获取对应的关卡积分。每期首次通关关卡，即可在活动面板领取水晶奖励，两期共计可得50水晶。关卡积分达到指定目标，还可获取限时勋章“42号勋章”、星石、金徽纪念物奖励。
第一关：空降
关键点：利用系统提供的EMP炸弹技能快速清除护盾通关。
玩家出现在休伯利安甲板上，和爱因斯坦对话后坐上飞机离开。
坐飞机到达天穹市，会刷出机甲，部分带免疫（免疫负面状态）且身上带有紫色电磁护盾，需要利用EMP炸弹解除后才能造成伤害。
炸弹按键位于武器技能键上方，所有玩家均可释放。
EMP炸弹为延时性炸弹，不仅能够解除崩坏兽的紫色护盾，而且爆炸及其金色残留附带麻痹效果。
机甲护盾被解除后免疫不会解除，机甲不受麻痹影响，女武神会被炸弹麻痹，因此放置炸弹后要及时躲避，最好炸弹贴着护盾怪放，第一时间炸掉盾方便输出。
最后打败关底boss巴德尔（无紫色电磁护盾）结束。
第二关：崩坏
关键点：善于利用过载状态特性快速清怪。
依然在天穹市，处理掉几只机甲后，出现一只具有红色的虚数化状态的崩坏兽。
虚数状态的崩坏兽无法对女武神造成伤害，女武神在通常情况下也无法对崩坏兽造成伤害。
之后剧情中特斯拉会给女武神装甲提供过载状态的选择，只有女武神打开过载状态才能对虚数状态的崩坏兽造成伤害，开关在武器技能键上方。
女武神在过载状态时会流血，实际测试掉血速率约在1s掉1%左右，萧云红两件套对此流血有效。
虚数状态的崩坏兽无法对没有开启过载状态的女武神造成伤害，可以根据这个特点合理安排打怪顺序。
第三关：城市
关键点：注意聚怪，boss出场时尽量站的紧密，减少后续抑制力场的覆盖范围。
建议：
在选择环境因子时，可以根据自身情况合理选择，以增加关卡结算积分。
在面对具有特殊状态的敌人时，利用合适的技能和装备来应对。
注意利用游戏中的特殊机制，如EMP炸弹和过载状态，来有效清除敌人并减少自身可能受到的伤害。
